A segunda temporada de VR Troopers, poucos brasileiros tiveram o privilégio de conhecer, pois foi exibida de madrugada entre as 4:30 e 5:30 da manhã na Rede Globo e o capítulo final não foi exibido. A série foi exibida como um tipo de tapa buraco entre os anos de 1999 e 2000.
O tema ja foi totalmente diferente da primeira! Entre muitas batalhas, Ryam acaba encontrando seu pai em uma batalha feroz onde a masmorra de Grimlord foi totalmente destruída! No final dessa batalha, Ryam perde seus poderes! Com ajuda de seu pai, Ryam consegue trazer seus poderes de volta, com um uniforme totalmente reformulado! Grimlord perdeu sua masmorra, agora sua sede é uma nave! (Chamada de Fortaleza Negra de Grimlord). Agora Grimlord se transforma com um cristal verde luminoso! Sua sala agora da acesso a essa nave e não mais a masmorra! A partir daí o tema da série muda, por que o objetivo dos Troopers agora é eliminar os novo guerreiros de Grimlord que eram muito mais poderosos que os antigos! Os inimigos tem expressões diabólicas, bem diferentes dos da primeira temporada! Os Skugs ganham uma outra forma, diferente da antiga forma, eles agora parecem pessoas normais mascaradas e cada vez os Troopers vão tendo mais trabalho para derrotar os inimigos. Por fim, o pai de Ryam sai do país para pesquisas que podem ajudar os Troopers! O General Aivar e o Coronel Icebot continuam a aparecer na série, agora com uma aparição mais reduzida! E Grimlord cria diversos guerreiros, para substituir os velhos mutantes, entre eles: Despera e Dom Master Dois guerreiros titânicos! Alem disso ainda existe um Oraclo dentro da nave, que é conselheiro de Grimlord! A temporada teve um momento marcante quando Grimlord fez uma clone de Kaitlin! Em um episódio de váreas partes, o Professor Hart percebeu que se uma das duas não fosse destruída as duas morreriam! Com isso o Professor Hart deu a solução! A partir daquele episódio a garota poderia se dividir em duas para enfrentar o inimigo assim conseguindo salvar Kaitlin e sua clone! E os momentos de JB líder continuou, com uma pequena diferença de que em que os dois aparecem mais juntos do que na primeira temporada. Além disso, Ryam sempre abria e fechava o episódio na primeira temporada, na segunda o episódio acaba normalmente.